تتم عمليات النظافة والتطهير في المسجد الحرام وفق آلية دقيقة وسريعة، حيث يتحقق تنظيف المسجد الحرام بالكامل في وقت قياسي خلال 35 دقيقة رغم الكثافة البشرية العالية، دون التأثير على حركة المصلين والطائفين وفق تنظيم وتنسيق متكامل بين الجهات العاملة في المسجد الحرام،ويشارك في هذه الأعمال أكثر من 3500 عامل وعاملة نظافة، موزعين على أربع فترات عمل يومية، ويتم استخدام 12 مكينة غسيل مخصصة و 67 آلة تنظيف.
وتتولى فرق متخصصة جمع وترحيل100 طن من النفايات في أوقات الذروة بوقت قياسي، كما تتوزع أكثر من 3000 حاوية نفايات داخل المسجد الحرام وساحاته، وتحرص الهيئة على استخدام مواد تنظيف صديقة للبيئة حفاظا على سلامة قاصدي المسجد الحرام.
وتبذل جهود مكثفة للحفاظ على نظافة دورات المياه عبر غسلها 12 مرة يومياً، وهناك تقسيم مفصل للأدوار بين العاملين سواء في مناطق التنظيف أو غيرها من الخدمات لضمان انسيابية حركة المعتمرين والمصلين.
وتعمل الهيئة العامة للعناية بشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي على تقديم الخدمات في بيئة نظيفة مهيئة للعبادة؛ من خلال تطبيق أعلى معايير النظافة والتطهير.